在食品安全日益严格的今天，微波杀菌设备因为有热效应和非热效应两种机理，加之微波从内部加热较为彻底被广泛推广。卫生法中对食品药品的霉菌、大肠菌群、致病菌及菌落总数有严格的规定。其中要求霉菌和致病菌不得检出、大肠杆菌低于30、菌落总数低于30000。

微波杀菌设备原理是利用微波辐射能量对物料中的细菌进行杀灭。细菌主要由水和蛋白质组成，在10-60度是合适的生存温度。微波杀菌设备对含菌物料迅速加热到60度以上使细菌难以存活，利用微波的极性振荡原理使细菌破壁杀灭。

食品杀菌机优点：

(1)时间短、速度快。其处理时间大大缩短，在强功率密度强度下，甚至只要几秒～数十秒即达到满意效果。

(2)低温灭菌、保持成分不变。相比常规热力灭菌，在比较低温的温度、较短的时间内就能获得灭虫杀菌效果，一般灭菌温度在70～80℃，处理时间3～5min。同时，微波特有加工方式能保留更多的有效成分，保持原有的色、香、味、形等风味。

(3)节约能源。微波电磁转换率高，一般在70%以上，优于加热的电热效率。加之，微波是直接对药品进行磁热能量转换，微波加热器本身不会被加热，因而不存在额外的热功耗，所以节能省电，相比节电30~50%。

(4)灭菌均匀彻底。常规热力灭菌是从物料表面开始的，由表及里的渐次加热，内外存在温差梯度，造成内外灭菌效果不一致。而微波的穿透性，使表面与内部同时受热，保证内外均匀杀菌。这一特点尤其适用于粘稠物料。

(5)易自动化生产。微波设备操作简便，没有热惯性，能根据生产工艺要求实时调控。整条生产线只需1~2名操作工。在改善劳动条件同时，工作环境和卫生条件符合GMP。

(6)工艺先进。微波杀菌设备不需要锅炉、复杂的管道系统等，只需水、电基本条件即可，对厂房无特殊要求。投资少、见效快。

(7)节省占地面积。微波设备无高温余热，不产生热辐射，能改善工作环境。而且设备结构紧凑、节省厂房面积及灭菌功能广泛。