微波杀菌机应用最广的行业应该是食品及医药两大行业。在众多食品加工厂或食品生化研究或是医药生化研究等方面工作，相信都接触过杀菌这个问题。大部分还是采用照射或蒸煮或其它手段进行处理。

而微波加热杀菌是通过微波自身的特性达到杀菌目的：微波有特殊热效应和非热效应两大机理，从而使食品或医药物体得到杀菌。与常规热力杀菌比较，能在比较低的温度和较短的时间获得所需的消毒杀菌效果。             

实践证明，一般杀菌温度在75-80摄氏度就能达到效果，此外，微波干燥杀菌机处理食品能保留更多的营养成分和色、香、味、形等风味，且有膨化效果。如常规热力处理的蔬菜保留的维生素C是46-50％，而微波处理是60-90％，常规加热猪肝维生素A保持为58％，而微波加热为84％。

微波杀菌机应用范围很广，针对行业于食品与医药。如：粉状、颗粒、片状、块状、膏状、液体等食品、药品、营养品、粮食制品、农副产品、牛肉、肉脯、方便面、速食品、米粉的干燥、杀菌；杏仁、花生、红枣、桃仁、板栗的烘烤、膨化、杀菌、脱皮；酱菜、卤味、熟食品各种肉制品小包装的防霉、杀菌、保鲜；还用于科研单位、高等或中等院校的小量试验、研究、生化物理学反应测试。