微波是100MHz--100000MHz波段的电磁波，以微波杀菌的温度场与电磁场相比较，电磁场是细菌致死的主要因素，特别是在较低温度时。实验给人们一种启示，充分利用变化的电磁场将能获得一种新的、在较低温度下杀菌的手段和技术，开创既能杀菌又能保持食品风味和品质的有效杀菌途径。一般而言电磁场杀菌是指104--1011Hz频率段的电磁场。电磁场在杀菌过程中表现出来的“非热因素成为细菌致死的主导因素“打破了常规加热杀菌的格局，细菌欲生存而需抗争的对象改为”电磁力“。

     对于脉冲电磁场杀菌的机理有多种假说。归纳起来，脉冲电磁场的杀菌机理主要表现在以下两个方面 ：电场作用：分子生物学的研究表明，生物体内的大多数分子和原子是具有极性（等效电偶极子）和磁性（分子电流模型）的，因此外加电磁场必然会对生物产生影响或作用。在外加电磁场的作用下，电偶极子和分子电流会随着电磁场的方向取向。在静电磁场中，只是建立一个新的终极状态；但在时变电磁场中，电偶极子和分子电流会随着电磁场的 变化而振动。显然，不同强度分布的外加电磁场对不同生物的影响程度是不同的。医学界在研究中发现细胞体在电磁场中有异常表现，典型的表现是对电磁波的应答现象。这种生物应答现象发生在远离平衡状态，生物体对满足一定条件的电磁场的响应是非线性的，并表现出频率特异性和功率特异性。效应的能源有时来自生物系统内部，外部电磁场只是起到触发作用。细胞是最基本的生命单元，在细胞中，细胞膜是研究得最多的部分。每个细胞膜内外都有一定的电位差，在外加电场的作用下，膜内外的电位差会增大，通透性会增加，细胞发生渗透，继续适度处理，当电磁场达到一定值（E＞E0，H＞H0）时，细胞膜就发生不可修复的破裂这种现象称为电穿孔。同时，由于电磁场是变化的，在极短的时间内，电磁场的频率、强度都会发生极大的变化，在细胞膜上产生振荡效应。不可逆的电穿孔和激烈的振荡效应能使细胞破裂，这种破裂导致细胞结构紊乱，从而达到杀死细胞的目的，进而杀死细菌。电离作用：变化电磁场的介电阻断性对食品中的微生物具有抑制作用。在外加电磁场的作用下，食品空间中的带电料子将产生高速运动，撞击食品分子，使食品分子分解，产生阴、阳离子，同时，电解质电解出阴、阳离子。这些阴、阳离子在强电磁场的作用下极为活跃，穿过本来就已提高通透性的细胞膜，与微生物内的生命物质如蛋白质、RNA作用，因而阻断了细胞内正常生化反应和新陈代谢的进行。另外，电磁场能够使水分子的氢氧键断裂，在水中生成过量的超氧阴离子自由基、过氧化氢及自由质子。而过氧化氢有强烈的氧化作用，作用于生物分子，会破坏DNA，导致细胞死亡。液体介质中电离作用产生的臭氧同样有强烈的氧化作用，能与细胞内物质发生一系列反应。以上两种作用的联合构成了杀死细菌体的主要因素。